Le préfet exerce un double contrôle a posteriori des décisions des collectivités territoriales et de leurs établissements :

• En premier lieu, il contrôle la légalité de certains actes et vérifie leur conformité avec les dispositions législatives et réglementaires en vigueur.

• En second lieu, il exerce un contrôle budgétaire a posteriori sur l’élaboration, l’adoption et l’exécution des budgets en liaison avec les chambres régionales des comptes (CRC). Il veille au respect de l’application des règles en la matière.

Dans son rapport annuel, la Cour des comptes appelle à une modernisation de ce type de contrôle. Elle dresse un constat de son évolution depuis 2009 et envisage plusieurs pistes pour l'améliorer  :

• Une plus grande expertise des agents

La Cour souligne que le contrôle de légalité s'est resserré autour de la commande publique, de l'urbanisme et de la fonction publique territoriale.  Mais elle  constate que de nombreux actes transmis  ne sont pas contrôlés faute de temps et de qualification des agents. Leur effectif s'est réduit de 30 à 35 % entre 2009 et 2015 lors de la mise en place de la Révision générale des politiques publiques (RGPP). Or, les collectivités se restructurent notamment dans le cadre de la fusion actuelle des intercommunalités et leur gestion se complexifie.

La Cour appelle les préfets à recruter des agents de catégorie A, à budget constant, et à les former afin qu'ils soient en capacité d'analyser les risques liés à des projets d'envergure ou à des montages juridiques complexes et inédits. Elle encourage également à la mutualisation entre les services déconcentrés de l’État.

• Transfert complet des compétences de contrôle des sous-préfectures aux préfectures
  

La cour estime que les pouvoirs publics tardent à restructurer les sous-préfectures. Ces dernières conservent encore pour la plupart une mission de contrôle de légalité qui mobilisent près d'un cinquième de l'ensemble des emplois à temps plein. Les sous-préfectures jouent un rôle d'interface entre les élus et la préfecture qui alourdit la transmission des actes, crée des doublons et augmente les frais de gestion. Cet état de fait contredit la directive nationale d'orientation des préfectures pour les années 2010 à 2015 qui prévoyait une centralisation intégrale de ces contrôles en préfecture.

• Développement de la transmission dématérialisée des actes
  

Une partie de la transmission des actes s'opère de manière dématérialisée grâce aux applications d'@CTES (Aide au Contrôle de légaliTé dématErialiSé), un programme d'e-administration.

Selon les dernières statistiques de la DGCL (Direction générale des collectivités locales)  cette télétransmission des actes a progressé de 30 % en 2014. Les préfectures et sous-préfectures ont reçu en moyenne 22 400 actes. La préfecture de la Haute-Garonne en a, pour sa part, reçu près de 25 000. La Cour encourage une plus grande performance du système d'information et une progression plus importante des collectivités raccordées.

Le ministre de l'Intérieur a publié une réponse en annexe du rapport de la Cour des comptes qui précise qu'il a lancé le plan préfecture nouvelle génération. Ce plan a pour objectif de renforcer la quantité et la qualité des contrôles dans chaque département.

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